物流管理的組織結構需要企業根據自身的規模、戰略、技術和生產方式選擇實際的組織結構。在企業物流發展過程中，逐漸形成了以下四種典型的物流管理組織模式：（1）協同管理組織。目前，我國少數物流過程已經實現了單一領導機構對整個物流過程的領導，但大部分還處于分工狀態。在國外，由于物流過程太長、范圍太大，很多物流過程不可能實現單一組織的領導。必須是多部門、多企業、多環節的合作。因此，有必要建立一個有效的合作管理組織。合作經營組織主要有兩種形式：建立聯合領導組織；以委托、分包形式建立以委托人為中心的合作領導體制。

（2）直接管理組織。直接管理物流是許多以利潤為中心的物流企業和物流利潤源的共同管理體系。在這種管理體制中，物流是企業中對總經理直接負責的行政部門。具有獨立開展活動的能力。實際上，它是公司的業務部門。（3）分散管理組織。在大型或巨型企業中，由于企業規模龐大，每個領域都有自己的物流功能，有物流組織來滿足子領域對物流的需求。各子領域的物流活動對該領域的主體運作起著支撐和保障作用，與各領域的主體活動密切相關。因此，這些領域的物流活動不可能在這個領域內分離，物流管理必須分散在各個領域，企業只能實行分散管理。

（4）后勤輔助組織。物流子公司是大型或巨型企業，在總公司等業務單位下設子公司，并與該子公司共同成為巨型企業或企業集團的企業聯合體成員。子公司比公司內的業務單元更為獨立，是典型的“利潤中心”物流企業。子公司、總公司與其他公司之間的關系，可以采取一般聯合、相互持股、甚至總公司控股的形式。